自動化分揀系統的分揀作業可分為三大類：自動分揀機分揀、機器人分揀和自動分類輸送機分揀。
自動分揀機分揀系統自動分揀機，一般稱為盒裝貨物分揀機。是藥品配送中心常用的一種自動化分揀設備。這種分揀機有兩排傾斜的放置盒狀貨物的貨架，架上的貨物用人工按品種、規格分別分列堆碼；貨架的下方是皮帶輸送機；根據集貨容器上條碼的掃描信息控制貨架上每列貨物的投放；投放的貨物接裝進集貨容器，或落在皮帶上后，再由皮帶輸送進入集貨容器。
自動分揀系統當供應商或貨主通知配送中心按訂單發貨時，自動分揀系統在最短的時間內 可從龐大的存儲系統中準確找到要出庫的商品所在的位置，并按所需數量、品種、規格出庫。自動分揀系統一般由識別裝置、控制裝置、分類裝置、輸送裝置組成，需要自動存取系統(AS/RS)支持。
自動分揀系統的作業過程可以簡單描述如下：物流中心每天接收成百上千家供應商或貨主通過各種運輸工具送來的成千上萬種商品，在最短的時間內將這些商 品卸下并按商品品種、貨主、儲位或發送地點進行快 速準確的分類，將這些商品運送到指定地點(如指定的貨架、加工區域、出貨站臺等),同時，當供應商或貨主通知物流中心按配送指示發貨時，自動分揀系統在最短的時間內從龐大的高層貨架存儲系統中準確 找到要出庫的商品所在位置，并按所需數量出庫，將從不同儲位上取出的不同數量的商品按配送地點的不 同運送到不同的理貨區域或配送站臺集中，以便裝車配送。
自動分揀系統一般由識別裝置、控制裝置、分類裝置、 輸送裝置和分揀道口組成。識別裝置通過條形碼掃描、色碼掃描、重量檢測、語音識別、高度檢測及形狀識別等方式，利用LAN、總線技術或RF技術將分揀要求傳給分揀控制裝置。 控制裝置的作用是識別、接收和處理分揀信號，根據信號指示分類裝置和輸送裝置進行相應的作業。分類裝置接受控制，當具有同類分揀信號的商品經過該裝置時，能夠改變其運行方向使其進入其他輸送機或分揀道口輸送裝置起輸送作用。分揀道口一般由鋼帶、皮帶、滾筒等組成滑道，使貨物脫離主輸送機滑向集貨區域的通道，最后入庫或組配裝車進行配送。
